كانت الحاجة لإقامة دير في العاصمة بغداد وذلك لتلبية الخدمات الروحيّة لأعداد كثيرة من أبناء الكنيسة المهاجرين من القرى الشماليّة، بسبب الأوضاع المترديّة آنذاك، والبحث عن فرص العمل. فتمّ وضع حجر اساس لدير على اسم مار انطونيوس في منطقة الدورة – بغداد عام 1967م في عهد الأنبا عبد الأحد ربّان. انتقل إليه مقر الرئاسة العامة من دير السيّدة في القوش في عهد الأنبا الراحل قرياقوس ميخو عام 1994م. وكان يضم عددًا لا بأس به من الأخوة الرهبان الدارسين في كلّيّة بابل للفلسفة واللاهوت. اضافةً إلى جناح خاص للأخوة الراغبين والمبتدئين. وكان يحوي مكتبة كبيرة تضم الكتب النفيسة والمخطوطات النادرة. وقبل سقوط بغداد انشأ مركزًا ثقافيًا يصدر المنشورات والكتب في مختلف المواضيع ومجلة ربنوثا الناطقة باسم الرهبنة. هجره الرهبان بعد سقوط نظام صدام ومن ثم تدهور الأوضاع السياسيّة من جراء الإرهاب والعنف الطائفي واقتتال بين الجماعات الإسلاميّة المتطرفة والأحزاب الحاكمة والجيش الامريكي. وحاليًا عرض الدير للإيجار لفترة من الزمن لإنشاء كلّيّة طبّيّة.