تذكر المصادر التاريخيّة أن دير مار كوركيس القائم اليوم، كان في الأصل كنيسة لقرية (بعويرا) وتعني هذه التسمية سريانياً (مكان العبور: بيث عبيرا). يقع هذا الدير على تلّ يشرف على مدينة الموصل يقابله في الجهة الأخرى من نهر دجلة دير مار ميخائيل. وقد جاء في أقدم مخطوط في دير السيدة، ذكر لهذا الدير في عام 1619م تحت إسم “اصول المعارف المدرسيّة لمحبّي العلم”، الفها بالسريانيّة ورتبها الناسك ايليا شماس. وقد أصبح ديرًا قانونيّاً للرهبنة في 17 تشرين الثاني من عام 1863م تلبيةً لطلب من البطريرك يوسف اودو الذي عين الأب قرياقوس كوكا ومعه ستة من الإخوة لممارسة الحياة الرهبانيّة فيه. ومنذ ذلك الوقت أصبح الدير منتميًا للرهبنة. الدير يبعد نحو عشرة كيلمترات من قلب مدينة الموصل في شمالها الشرقي، في الجانب الشرقي من دجلة وهو مبني فوق رقعة جميلة من أرض ذات تلول ومنحدرات تجاور اطلال نينوى. كنيسة الدير الحالية هي تجديد للكنيسة القديمة، جرى سنة 1843م، فقد كانت الكنيسة قائمة قبل هذا التاريخ، وكانت على الطراز الشرقي، إلا أن البطريرك نيقولاوس زيعا، غير في شكلها إلى شكل قريب من الطراز اللاتيني، إذ قام بنقل (البيم) من وسط الكنيسة إلى مؤخرتها. في سنة 1908م بني حصن الدير أو قلالي الرهبان وهي خمس مع سرداب وبعض الملحقات، وذلك في عهد الأنبار شموئيل جميل الرئيس العام للرهبنة. ولقد قام الأنبا موشي ارميا الرئيس العام ببناء كنيسة صغيرة شرقي بيت الرهبان، بسبب ارتفاع موقع الكنيسة الكبيرة، وتعذر الصعود اليها من قبل بعض الرهبان المسنين، وقد تم بناؤها سنة 1924م. وأضيفت خمس غرف إلى اليسار من كنيسة الدير الأصلية سنة 1929م. وفي سنة 1936م بنى الأنبا موشي ارميا الرئيس العام للرهبنة تسع غرف وسرداب، وهو القسم الذي يراه الزائر حين يلج الدير من الباب الشرقية لحديقة المدخل ونلقي في الكنيسة العليا لوحتين لمار كوركيس، عمر الأولى بين 150- 200 سنة، وعهد الثانية يعود إلى القرن الثامن عشر. في سنة 1903م حفر بئر الدير في عهد رئيس هذا الدير الأب اوغسطين اوجين. حتى نهاية العقد السادس من القرن الماضي (القرن العشرين) كان الدير من أهم المعالم الدينيّة لمدينة الموصل يقصده الزوار من جميع الطوائف للمشاركة في الصلوات والقداديس. في سنة 1962م، أففتح في الدير مشروع مدرسة رسولية ودام المشروع لسنوات عديدة تخرج منه طلاب وأصبحوا رهبان وكهنة. وكان مركزًا روحيّاً وثقافيّاً حيث أقيمت فيه دورات لاهوتيّة وكتابيّة ودروس تعليميّة وكان الكثير من أهالي الموصل وأطرافها يقصدون الدير فيقضون أوقات جميلة فيه. في سنة 2014م وعند إحتال داعش لمدينة الموصل تعرض الدير للتدمير، واليوم تقوم الرهبنة بترميمه من جديد.